Comprende aproximadamente desde el año 1800 a.C hasta el año 500 d.C , en este periodo la gente comenzó a vivir en aldeas y pueblos en forma permanente, dedicados a la agricultura independientes de los estados del Altiplano, sin embargo hubo algún tipo de comercio con la zona norte del Altiplano y con la costa sur.
Las primeras evidencias  de este período alrededor del año 1800 a.C.,  se encontraron en el valle costero de Ilo. Mientras que el valle de Moquegua tuvo poco que ofrecer a cazadores y recolectores de la sierra y la costa, les llamó la atención, más bien, la agricultura. Usando esta nueva forma de alimentación, la gente de la denominada cultura Huaracane empezó a asentarse en el valle de Moquegua alrededor del año 400 a.C. Aún desconocemos sus orígenes, no obstante, comenzaron a usar objetos de cerámica, posiblemente para cocinar sus productos  y  así obtener mayores beneficios nutritivos. Se considera que al  principio su organización social fue simple, para luego volverse más compleja, incluso con la aparición de clases privilegiadas, las mismas que tal vez hayan tenido contacto con sociedades de la zona norte del Altiplano y de la región de Nazca, de las cuales adquirieron cerámicas y textiles más impresionantes que los elaborados en estos valles.

Alrededor del año 550 d.C. los huaracane advirtieron con aprehensión la llegada de colonos tiwanaku del  Altiplano y  colonos de tradición wari en la zona del valle superior. Aunque los huaracane  mantuvieron su propia identidad, es muy probable que tuvieran más relación con los wari, hasta el año 800 d.C. cuando se pierde el rastro de ellos  por razones no muy claras, las mismas que con  futuras investigaciones podrán ser aclaradas.

Los wari colonizaron mayormente el valle superior de Moquegua durante cuatro siglos. Lo más significativo es su presencia en la cumbre del Cerro Baúl y las colinas adyacentes. En este cerro se encuentran vestigios de lo que fue una ciudadela impresionante, de grandes edificios, palacios, construcciones para almacenamiento, templos, incluso una zona para la elaboración de chicha.

Construyeron un canal con un sistema elaborado de riego para llevar el agua a las laderas del Cerro Baúl y los cerros cercanos a fin de cultivarlos.

También hubo otros asentamientos cercanos, como el cerro Mejía y el cerro Petroglifo. Aunque algunos de estos asentamientos fueron waris, otros tiwanakus como el sitio que hoy se conoce con el nombre de  Cancha de Yacango. Debido a la importancia del lugar, vivieron miles de personas en las zonas circundantes, para convertirse en una ciudad próspera y en un gran centro religioso.

b) La presencia de los tiwanaku
Casi al mismo tiempo en que llegan los wari a Moquegua, los tiwanaku colonizan también la mayor parte del valle medio. Llegaron, aproximadamente, el año 600 d.C. Aquí aprovecharon los diferentes climas de la región para lograr nuevos cultivos y convirtieron a Moquegua en una de las provincias más importantes del estado tiwanaku. No hay indicios de que los grupos asentados en el valle fueran dependientes del poder central, pero no por eso, dejaron de llevar parte de sus recursos para sustentar los estilos de vida de las élites centrales que se hallaban en la cuenca del lago Titicaca, cuya soberanía se ejerció por medio de un protectorado espiritual más que por una política coaccionaria

a) Presencia de los tumilaca
A comienzos de este período, alrededor de los años 1000 a 1100 d.C. tras el colapso de los tiwanaku, empezó una nueva fase con los descendientes de estos colonos , a quienes comenzó a denominárseles los tumilaca. Éstos se distribuyeron en los valles de Tumilaca, Torata Alta, otros se fueron hacia la costa compartiendo el valle con nuevos grupos culturales que estaban surgiendo como los chiribaya.
Los tumilaca y ya en el transcurso del tiempo, disminuyeron su población, posiblemente fueron absorbidos por los chiribaya.

b) Presencia de los chiribaya
Aún sigue en investigación la procedencia de la cultura Chiribaya. Quizás fue gente que siempre vivió en la costa y tuvo la influencia de los tiwanaku o fue un grupo descendiente de los colonos de este grupo cultural, pero cualquiera que sea su origen, los chiribaya empezaron a surgir por los  900 años d.C., es decir, a finales del Horizonte Medio.

Los chiribaya acrecentaron su población y ésta se volvió más estratificada.  Alrededor del año 1100 d.C.. llegaron a ocupar gran parte del valle de Moquegua, incluso establecieron colonias en el valle superior del Osmore. No se sabe a ciencia cierta, si esta cultura fue sólo un señorío, aunque es probable que hubieran varias unidades políticas con diferentes jefes.

Las poblaciones chiribaya, tanto en la costa, como posiblemente en la sierra fue drásticamente disminuyendo debido a inundaciones y huaicos catastróficos causados por lluvias del evento llamado «Miraflores», un fenómeno del «Mega Niño»,alrededor del año 1350 d.C. La terrible pérdida de vidas, destrucción de la infraestructura agrícola y doméstica, el hambre y las enfermedades fueron consecuencias que siguieron azotando a los chiribaya por varios años más, sin que pudieran recuperar su numerosa población, y así fueron dejando espacio para que nuevas inmigraciones poblaran los valles de estas tierras.

c) Presencia de los estuquiña
La cultura Estuquiña empieza a desarrollarse en Moquegua, aproximadamente, en el año 1200 d.C.   Estos pobladores probablemente hayan migrado de la sierra alta. Los estuquiña construyeron una compleja andenería y sistemas de irrigación de largos canales primarios, numerosos estanques y una red de canales secundarios. Este complejo sistema, tenía como objetivo sostener a una enorme población.

Los estuquiña vivieron en pequeñas ciudades aglutinadas sobre cerros, y contaban además con murallas defensivas. Esto nos indica que sus poblaciones temían ser atacadas. Algunas poblaciones menores de los estuquiña se trasladaron hacia la costa del valle de Ilo.

A pesar de las impresionantes obras de ingeniería, los estuquiña  tuvieron una manufactura artesanal sencilla en cuanto a su cerámica, sus tejidos no fueron teñidos. Sin embargo, tuvieron líderes que organizaron muy bien las obras agrícolas y defensivas.

Algunos de los sitios Estuquiña ubicados en el valle, los tenemos en el lugar arqueológico del mismo nombre, igualmente el Cerro El Arco, Capanto y Camata, en este lugar también se encuentra un tambo, como evidencia ya de la presencia  inca.

Este período abarca los años 1450 - 1534 d. C. Aproximadamente cien años antes de la conquista española se inició la expansión territorial incaica, desde el norte del actual Ecuador hasta la parte central de Chile, por el sur.

Presencia Inca en Moquegua
El ejército inca llegó a Moquegua hacia el año 1475 d.C. Según algunos datos históricos, parte de la gente local, los estuquiña, se retiraron a una cima fortificada, posiblemente al cerro Baúl, donde fueron sitiados hasta que el hambre y la sed los obligó a rendirse.
Posteriormente, los incas establecieron un centro regional importante en Sabaya (Torata) y aprovecharon el gran sistema de andenería construido por los estuquiña que explotaron de forma admirable. Asimismo, los incas, estratégicamente, como lo hacían en otros sitios, nombraron a líderes locales como funcionarios del Tawantinsuyo, a quienes dieron algunas ventajas a cambio de su cooperación en la recaudación de impuestos.